使用真空冷凍干燥需要在凍干前，將凍干產品分裝在合適的容器內，裝量均勻，蒸發表面盡量大，厚度盡量薄；再放入與凍干箱尺寸適應的金屬盤內進行預凍。
    抽真空前，根據捕水器制冷壓縮機的降溫速度提前讓捕水器工作，抽真空時，捕水器應達到-40℃，真空度達到一定數值后（通常要求＞100Pa的真空度），即可加熱箱內產品。
    加熱通常分兩步進行，初步加溫不讓產品溫度超過共熔點溫度；待內部水分基本干完后，再進行下一步加溫，可以迅速使產品上升到規定的至高溫度。在至高溫度保持數小時后，即可結束凍干。
    將物料架從冷阱腔中提出，置于備用的活動硬質塑料圓盤上（均放置在冷阱腔上方），再罩好有機玻璃罩，若采用壓蓋裝置凍干物料，在物料完成預凍后，迅速將物料從預凍架轉移到壓蓋裝置的擱板上，再罩好壓蓋用有機玻璃罩。
    在操作屏上，按下“真空泵”鍵，真空泵工作；按“真空計””鍵，真空度顯示，待真空度達到30Pa左右后，按“加熱”鍵啟動凍干，干燥開始，并按照預先設定的工藝程序運行。
    注意：真空度零點已調好，用戶無需校正；開真空計后，顯示大氣狀態為110×103～80×103Pa均為正常，無需調節。
    凍干時，只有在檢查真空度時，才可以打開真空計；不檢查時，應關閉真空計，從而延長真空計的使用壽命。
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