真空冷凍干燥機(jī)的核心部位是制冷系統(tǒng)，由制冷壓縮機(jī)、冷凝器、節(jié)流裝置、蒸發(fā)器構(gòu)成，通過管道相連，形成一個閉合系統(tǒng)。制冷劑在系統(tǒng)中不斷的循環(huán)流動，過相態(tài)的變化與外進(jìn)行熱量交換，通過相態(tài)變化與外界進(jìn)行熱量交換，達(dá)到循環(huán)制冷。
    壓縮機(jī)：目前大多采用中高溫型全密封往復(fù)式壓縮機(jī)，結(jié)構(gòu)緊湊、體積小、重量輕、振動小、噪聲低，能效比高。因電動機(jī)與壓縮機(jī)主體密封在鋼制殼體內(nèi)，電動機(jī)處在冷媒氣態(tài)環(huán)境中運(yùn)行，冷卻條件好，壽命長。殼體下部存有規(guī)定數(shù)量的潤滑油，壓縮機(jī)工作時，對各部自動供油，平時無需再添加潤滑油。
    熱交換、蒸發(fā)器：利用被蒸發(fā)器冷卻后的壓縮空氣攜帶的冷量（對絕大多數(shù)用戶來講這部分冷量屬廢冷）并用這部分冷量冷卻攜帶大量水蒸氣的較高溫度的壓縮空氣，減輕制冷系統(tǒng)的熱負(fù)荷，達(dá)到節(jié)約能源目的。另一方面，低溫壓縮空氣在熱交換器里溫度得到回升，使排氣管道外壁不致因溫度過低而出現(xiàn)結(jié)露。
    冷凝器、二次冷凝器（預(yù)冷回?zé)崞鳎簩⒗涿綁嚎s機(jī)排出的高壓、過熱冷媒蒸氣冷卻成液態(tài)制冷劑，使制冷過程連續(xù)進(jìn)行。
    因冷凝器排出的熱量包括冷媒從蒸發(fā)器吸取的熱量，以及由壓縮功轉(zhuǎn)換過來的熱量。所以，冷凝器的負(fù)荷比蒸發(fā)器大，真空冷凍干燥機(jī)中冷凝器分空氣冷卻式（風(fēng)冷型冷凝器）、水冷卻式（水冷型冷凝器）。
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